在合同纠纷中，证据的收集至关重要，因为证据是证明当事人主张和案件事实的关键。以下是在合同纠纷中应当收集的证据类型和注意事项：

合同文件：

原始合同文本，包括主合同、补充合同、附件等。

合同的变更协议或补充协议。

合同的解除或终止协议。

主体资格证明：

自然人：身份证、户口簿、居住证等。

法人或其他经济组织：营业执照、组织机构代码证、税务登记证等。

合同履行相关的证据：

交付凭证：如交货单、送货单、提单、验收报告等。

支付凭证：如银行转账记录、支票、发票、收据等。

质量检验报告：如产品检验报告、质量认证证书等。

证明合同履行情况的证据：

对话记录：如电子邮件、短信、微信聊天记录等。

书面通知：如催款通知、违约通知、解除合同通知等。

实际履行凭证：如实际交付的货物、服务完成的证明等。

证明违约和损失的依据：

违约通知或声明：证明对方违约的通知书或声明。

损失计算：因违约导致的损失计算，包括直接损失和间接损失。

第三方证据：

证人证言：了解案件情况的第三方的证言。

专家意见：如涉及专业问题，可以提供专家的鉴定意见。

其他相关证据：

财务账目：与合同履行相关的财务账目。

起诉前协商记录：如双方协商解决纠纷的记录。

注意事项：

证据的真实性：提供的证据必须是真实的，不得伪造、变造或篡改。

证据的合法性：证据的收集和使用必须符合法律规定，非法获取的证据可能不被采纳。

证据的关联性：证据必须与案件事实直接相关，能够证明当事人的主张。

及时收集：证据应当在诉讼时效内及时收集，过期可能失去证据效力。

证据保全：对于易失证据，可以申请法院进行证据保全。

专业咨询：在证据收集过程中，可以咨询专业律师，以确保证据的完整性和有效性。

总之，在合同纠纷中，全面、准确地收集证据对于案件的胜诉至关重要。