在合同纠纷中，证据的收集至关重要，因为证据是证明当事人主张的事实、维护权益的基础。以下是在合同纠纷中应当收集的证据类型：

合同文件：包括但不限于主合同、补充协议、附件、变更协议等。

往来函件：双方之间的书信、电子邮件、即时通讯记录等，这些可以证明双方的沟通内容、意图和合同履行的过程。

付款凭证：包括银行转账记录、支票、收据、发票等，用以证明款项的支付和接收情况。

会谈纪要和会议记录：记录双方会议讨论的内容，可能包含对合同条款的解读、变更等。

施工日志、施工图纸：在建设工程合同纠纷中，施工日志和图纸可以证明工程的进度、质量和变更情况。

指令书和确认书：发包人或承包人发出的书面指令和确认书，这些文件可以证明工程的变更、增减项等。

采购单、订货单、工资单：证明材料采购、货物订购和人员工资支付等实际情况。

验收报告和技术鉴定报告：包括中期验收、最终验收等，以及相关的技术鉴定报告，用以证明工程质量。

财务报告和结算资料：包括工程结算书、财务报表等，用以证明财务状况和工程款支付情况。

竣工验收资料：包括竣工图、验收记录等，证明工程已按约定完成并经过验收。

资质证书和相关许可证：证明当事人是否具备合同履行的资格和能力。

第三方见证文件：如公证、见证人的证言等，可增强证据的证明力。

视听资料：如录音、录像等，可以作为证明合同履行过程和纠纷发生的证据。

证人证言：与合同履行有关的第三方证人的证言。

专业鉴定：在必要时，可以申请专业机构进行鉴定，如质量鉴定、工程造价鉴定等。

在收集证据时，应注意以下几点：

确保证据的合法性、真实性和关联性。

收集证据要及时，避免时过境迁导致证据灭失。

证据应当形成完整的证据链，相互印证，增强证明力。

在提交证据时，应当按照法院的要求进行整理和标注。

最后，建议在合同纠纷发生前，当事人应当建立和完善合同管理制度，以预防纠纷的发生。